同樣都是狗 為何差異巨大
在生命的同樣長(zhǎng)河中,每一個(gè)新生命的都狗誕生都伴隨著基因組的微妙變化。這些被稱為“新發(fā)突變”的為何遺傳變異,如同時(shí)間在 DNA 上留下的差異印記,既是同樣進(jìn)化的原料,也是都狗理解生命奧秘的鑰匙。
近日,為何中國(guó)科學(xué)院昆明動(dòng)物研究所王國(guó)棟研究員領(lǐng)導(dǎo)的差異國(guó)際團(tuán)隊(duì)發(fā)表了一項(xiàng)開創(chuàng)性研究,首次系統(tǒng)解析了家犬獨(dú)特的同樣新發(fā)突變圖景,為我們打開了一扇觀察生命演化的都狗新窗口。
形形色色的為何家犬(圖片來(lái)源:維基百科)
跨越 43 個(gè)犬種的基因之旅
想象一下,從嬌小的差異吉娃娃到威武的德國(guó)牧羊犬,從卷毛的同樣貴賓犬到短腿的臘腸犬——這些外貌迥異的狗狗們,都源自同一個(gè)祖先。都狗
人類在短短幾百年的為何育種歷程中,創(chuàng)造出了 200 多個(gè)犬種,它們?cè)隗w型、外貌和行為上展現(xiàn)出驚人的多樣性。這種快速的表型分化,為科學(xué)家研究突變規(guī)律提供了得天獨(dú)厚的模型。
王國(guó)棟團(tuán)隊(duì)對(duì) 43 個(gè)犬種的 390 個(gè)親子三聯(lián)家系進(jìn)行了深入研究,涵蓋 643 個(gè)個(gè)體。
通過高深度全基因組測(cè)序,研究人員像考古學(xué)家篩選化石一樣,從海量的遺傳信息中精確識(shí)別出 8312 個(gè)新發(fā)突變。這些突變?nèi)缤蚪M上的時(shí)間戳,記錄著從父母到子代的遺傳變化軌跡。
研究發(fā)現(xiàn),家犬每代每堿基的生殖系突變率約為 4.89×10^⁻⁹。
這個(gè)看似微小的數(shù)字,卻蘊(yùn)含著深刻的進(jìn)化意義。基于這一更為精確的突變速率,研究團(tuán)隊(duì)重新校準(zhǔn)了犬類進(jìn)化史上的關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)——狼和犬的分歧時(shí)間被精確定位在兩萬(wàn)三千年到三萬(wàn)年之間,這為理解人類最忠實(shí)伴侶的馴化歷程提供了更可靠的時(shí)間框架。
父親的年齡密碼
在遺傳的舞臺(tái)上,父母的年齡扮演著關(guān)鍵角色。研究發(fā)現(xiàn),父親年齡對(duì)子代突變數(shù)目的影響尤為顯著,而且這種“父源效應(yīng)”在犬類中比人類更加明顯——約高出 50%。這意味著,年長(zhǎng)的公犬更容易將新的突變傳遞給后代。
更有趣的是,不同體型的犬種展現(xiàn)出截然不同的突變積累模式。
小型犬種隨著父親年齡增長(zhǎng),突變積累速度更快;而大型犬種雖然在生命早期就攜帶較多突變,但隨年齡增長(zhǎng)的突變積累速度反而較慢。
這種差異可能與它們不同的生命史特征有關(guān)——大型犬發(fā)育更快、壽命更短,而小型犬則相對(duì)長(zhǎng)壽。這一發(fā)現(xiàn)暗示著,體型不僅影響狗狗的外表和壽命,還深刻影響著它們基因組的演化動(dòng)態(tài)。
家犬的品類多樣性與其基因組的特殊性密切相關(guān)(圖片來(lái)源:維基百科)
CpG 島上的突變熱點(diǎn)
如果說(shuō)基因組是一片廣闊的海洋,那么 CpG 島就是其中的特殊島嶼。
這些富含 CG 二核苷酸的區(qū)域通常位于基因的調(diào)控區(qū)域,對(duì)基因表達(dá)起著重要作用。令人驚訝的是,研究發(fā)現(xiàn)家犬 CpG 島區(qū)域的突變率竟是基因組平均水平的 2.6 倍,而在人類中并未觀察到這種現(xiàn)象。
這一獨(dú)特現(xiàn)象的背后,隱藏著一個(gè)進(jìn)化的秘密。犬科動(dòng)物是唯一缺失重組關(guān)鍵基因 PRDM9 的哺乳動(dòng)物。
在其他物種中,PRDM9 就像一個(gè)精確的導(dǎo)航儀,引導(dǎo) DNA 重組發(fā)生在特定位置。而失去這個(gè)“導(dǎo)航儀”的犬類,重組事件更多地集中在開放的染色質(zhì)區(qū)域,尤其是 CpG 島。
由于重組過程本身具有致突變性,這就導(dǎo)致了犬類 CpG 島成為突變的“熱點(diǎn)”。
通過比較不同物種的進(jìn)化速率,研究團(tuán)隊(duì)推算出犬科動(dòng)物失去 PRDM9 基因的時(shí)間約為 3730 萬(wàn)年前。這意味著,犬科動(dòng)物已經(jīng)在沒有 PRDM9 的情況下成功演化了數(shù)千萬(wàn)年,展現(xiàn)出生命對(duì)不同遺傳機(jī)制的驚人適應(yīng)能力。
母系遺傳的意外發(fā)現(xiàn)
在這項(xiàng)研究中,一個(gè)特殊的案例引起了科學(xué)家的注意。一只邊境牧羊犬?dāng)y帶了 214 個(gè)新發(fā)突變,是正常水平的近十倍。
更令人驚訝的是,這些突變主要來(lái)自母親,其中 140 個(gè)被確認(rèn)為母源突變。
進(jìn)一步的基因分析發(fā)現(xiàn),這只狗的母親攜帶了 DNA 錯(cuò)配修復(fù)基因 MLH1 的一個(gè)致病性突變。這是迄今為止首次報(bào)道的母源超突變案例,打破了人們對(duì)生殖系突變主要來(lái)自父系的傳統(tǒng)認(rèn)知。
這個(gè)發(fā)現(xiàn)不僅拓展了我們對(duì)突變機(jī)制的理解,也提示著某些遺傳疾病可能通過母系以意想不到的方式傳遞。對(duì)于臨床遺傳學(xué)和育種實(shí)踐而言,這一發(fā)現(xiàn)具有重要的警示意義。
神經(jīng)發(fā)育基因的富集之謎
研究還發(fā)現(xiàn)了另一個(gè)引人深思的現(xiàn)象:家犬和人類的新發(fā)突變都在神經(jīng)發(fā)育相關(guān)基因中出現(xiàn)富集。
雖然這些突變大多位于非編碼區(qū)域,其具體功能還有待進(jìn)一步研究,但這種跨物種的共同特征暗示著神經(jīng)系統(tǒng)可能是突變的一個(gè)特殊靶標(biāo)。
考慮到狗在認(rèn)知能力、社交行為和情感表達(dá)方面與人類的相似性,這一發(fā)現(xiàn)為將家犬作為神經(jīng)系統(tǒng)疾病模型提供了遺傳學(xué)基礎(chǔ)。未來(lái),通過深入研究這些突變?nèi)绾斡绊懮窠?jīng)功能,可能為理解和治療人類神經(jīng)發(fā)育疾病開辟新的途徑。
照見進(jìn)化的鏡子
家犬的突變研究不僅揭示了一個(gè)物種的遺傳奧秘,更為我們理解生命演化的普遍規(guī)律提供了獨(dú)特視角。
PRDM9 基因的缺失、CpG 島的高突變率、體型與突變動(dòng)態(tài)的關(guān)聯(lián)——這些發(fā)現(xiàn)共同勾勒出一幅復(fù)雜而精妙的進(jìn)化圖景。
正如王國(guó)棟團(tuán)隊(duì)的研究所展示的,每一個(gè)物種都在用自己獨(dú)特的方式書寫著進(jìn)化的故事。
家犬作為人類最親密的動(dòng)物伙伴,不僅陪伴著我們的日常生活,也在科學(xué)研究中扮演著不可替代的角色。
通過解讀它們基因組中的突變密碼,我們不僅能更好地理解犬類的遺傳多樣性和疾病易感性,也能從中窺見生命演化的基本法則。
這項(xiàng)研究提醒我們,在生命科學(xué)的探索中,每一個(gè)看似微小的發(fā)現(xiàn)都可能蘊(yùn)含著改變認(rèn)知的力量。從一個(gè)堿基的改變到物種的分化,從父母的年齡到后代的命運(yùn),生命以其獨(dú)特的方式詮釋著連續(xù)與變化、偶然與必然的辯證關(guān)系。
而科學(xué),正是我們解讀這部宏大生命之書的鑰匙。
參考文獻(xiàn)
[1]Zhang, SJ., Ma, J., Riera, M. et al. Determinants of de novo mutations in extended pedigrees of 43 dog breeds. Genome Biol 26, 305 (2025). https://doi.org/10.1186/s13059-025-03804-2
策劃制作
出品丨科普中國(guó)
作者丨夏至 大阪大學(xué)
監(jiān)制丨中國(guó)科普博覽
責(zé)編丨張一諾
審校丨徐來(lái)、張林林
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